赵鹏是黄南市医学中心传染科主任，长期从事传染病学研究，苏明炯和陈珂是他的学生兼助手。
灾变前一个月，黄南市医学中心收到塞北市疾控中心寄来的一份病毒样本，来源是一名已死亡的精神病人。这名精神病人毫无征兆地攻击了三名路人，造成一人死亡，两人轻伤的惨剧。
塞北市疾控中心的工作人员在给精神病人做尸检的时候发现该名患者身上携带着一种传染性极强的新型病毒。塞北市疾控中心不具备对病毒进行分析的能力，于是将病毒样本寄到了黄南市医学中心。
黄南市医学中心和西北市医学中心是全国最大的两所传染病研究基地，直属卫生部管辖。一般情况下，各地流行的传染病必须要上报到这两个地方。
赵鹏和另外两位传染病方面的专家对病毒样本进行分析，他们从未见过这种病毒，它不属于目前任何一种病毒分类。
病毒寄生人体后，首先控制的就是淋巴循环系统和大脑及中枢神经系统，对消化系统以及新陈代谢的影响很小。人被感染后的身体会进入一种耗能状态，导致感染者始终处于饥饿之下。这也是它们为什么会攻击人类的原因。
但在病毒爆发后的发现打破了赵鹏等人最初的推测，感染者对于实验人员投喂的肉类和活体动物兴趣并不大，充其量也就闻一下而已。它们真正的目标是人类。
病毒样本送到黄南市的第三天，黄南市发生了第一起精神病人袭击路人的事件，三名路人被咬伤。在这名精神病人身上发现一种新的病毒，和塞北市送来的样本同属一种病原体，但黄南市的病毒已经发生变异。
病毒变异前，靠空气传播。在没有宿主的情况下，病毒在空气中只能存活两个小时，气温高于四十五度时，病毒会立即死亡。
变异后的病毒不再通过空气传播。
感染者的体液循环系统是淋巴循环系统，致命毒素就藏在这个系统当中，所以病毒传播的途径就进化为通过感染者咬伤来实现。
这才是感染者攻击人类的真正原因，为了繁殖。但病毒为何只选择人类作为繁殖的宿主，他们始终没有找到答案。
随后的几天里，医学中心收到可靠消息：世界多地发生类似的情况，六个国家的三十一个地区和塞北市同时出现这种病毒。
后来，出现病毒的地区越来越多，具体的数字已经无法统计。
一周之后，病毒变异后的第一批感染者突然“复活”，象征着末日灾变正式拉开大幕。
这天，赵鹏带着苏明炯和陈珂，正在地下方舟实验室对一名叫刘根伟的感染者进行治疗。这名感染者非常特殊，每天居然会有几十秒钟的清醒时刻，能和人进行简单对话，还记得一些生活片段，但很快又会失去意识，变成一具丧尸。
苏明炯给刘根伟拍完脑部CT，陈珂正准备给刘根伟注射抗生素，再有十分钟，刘根伟就会安静下来，开始他一天的清醒时刻。
就在这个时候，医学中心大楼里拉响警报。广播里称，大楼里突然涌入数量不明的感染者，所有夜间值班的人员立刻向安全区域撤离。
眼看着刘根伟清醒的时间将至，赵鹏选择留下继续进行实验，苏明炯和陈珂担心老师的安危，也决定留下陪他。
赵鹏坦承他们当时并没有想到事情会那么严重，所以才会选择留在实验室继续工作。倘若他们知道那晚将会是世界末日的开始，他们早就跟着大部队撤了。
第二天早晨，三人从方舟实验室出来时发现整栋楼里全是感染者。他们试着溜出去，半路上被感染者发现，只好又逃回方舟实验室。
三天后，他们不得不接受一个事实，他们被困在方舟实验室，并且和外界的联系全部中断。
讲到这里，赵鹏苦笑着说，那时的不幸恰恰又是幸运的，他们被困在方舟实验室，反而活了下来。假如当时他们也跟着大部队撤离，说不定现在早成为亿万感染者大军中的一份子。
方舟实验室位于地下五层，有五百多平米，共二十六个房间，平时有四十个人在此工作。当初建设这里时，上级吸取前几次大流行病的经验和教训，为应对突发状况，特别在地下建有一个物资储备仓库，里面的物资大概够方舟实验室四十位工作人员坚持一个月左右。
黄南市风力资源充沛，方舟实验室的备用电源是医学中心楼顶的十台小型阵列式风力发电机。风力发电每天的发电量勉强可以支撑方舟实验室的耗电量。三人保证实验室内通风系统、照明系统、动力系统以最低功耗运行，节省下来的电力都用在了实验上。
三人当时身处地下，并不知道世界早已沦陷，他们认为只有几个城市发生了这种情况，国家解决这些问题是迟早的事。而国家想要对付病毒和感染者，离不开他们现在的研究，因此三人一心扑在工作上，心无旁骛的进行研究。
刘根伟在赵鹏的治疗下，情况渐渐有所好转，半年后刘根伟每天保持清醒的时长可以达到六七分钟。九个月后，刘根伟的清醒时长增加到四十多分钟，大脑中的记忆碎片也越来越多。刘根伟可以正常和三人进行交流，能思考一些难度比较低的问题，甚至还表示在他清醒的时候也不要解开他手脚上的禁锢，他怕自己会失去控制。
据刘根伟讲，他每次恢复意识的时候，感觉离上一次清醒仅仅过去几秒钟，只是眨眼的功夫。
刘根伟的身体也没有像其它感染者那样发生退化，在他清醒的时候，赵鹏会喂他吃一些罐头。
刘根伟嚼了几下，说那味道像是塑料片。
赵鹏问刘根伟想吃什么？
刘根伟却说他没有进食的欲望。
刘根伟的大脑和其他感染者几乎没有区别，完全被病毒侵占，但他却能保持自己的意识，这种情况极其罕见、也很特别。刘根伟的恢复速度逐渐加快，来到十一个月的时候，刘根伟每天清醒的时长已经有两个小时。
赵鹏预测最多再有半年，刘根伟就会康复。
就在这时意外发生了，楼顶的阵列风电发生故障，方舟实验室全面陷入瘫痪。
三人经过商量，决定带着刘根伟离开方舟实验室，去西北市医疗中心接受进一步治疗。按照他们的计划每天趁着刘根伟清醒时开车赶路，等到他失去意识时，再把他禁锢起来。
刘根伟也同意这个方案。
这时楼里的感染者所剩寥寥无几，四人趁机来到地上。当他们来到大院里看到满大街的感染者时，震惊地说不出话。
在地下时，他们曾推测人们全部撤离后，黄南市可能变成一座空城。城里偶尔零星有几只感染者，他们也能对付，说不定政府已经清理了那些感染者。
赵鹏讲到这里，讪讪一笑，说：“在那之前我们太乐观了！当我们走出大院看到街头的一刹那，我心里只有一个念头，这个世界完了！”
四个人愣神的时候，街上的感染者发现了他们。四人不能再回方舟实验室，只好向大楼后面的小门跑去。
小门北面是一处公园。医学中心到公园之间有一条五十米长、宽两米的小路。
小路是医学中心工作人员去公园的专用通道。过道两旁是三米高的红砖墙，路的两头各有一扇仅能容一人出入的铁门。平时出入需要刷脸，灾变前过道里有专门的安保人员站岗。
四人来到大楼北面，小门虚掩着，因为没电，所有电磁门的门吸都开着。四人当时来不及细想，推开铁门躲进过道里道。后面的陈珂刚刚关上铁门，插上筷子粗细的铁栓，四人同时呆住了。
过道另一侧的尽头站着一个人，衣衫褴褛，看了他们一眼，然后朝他们蹒跚走来。
陈珂问苏明炯是不是感染者？
苏明炯犹豫地说可能是吧？
这是他们第一次面对不是禁锢在试验床上的感染者。
赵鹏告诉苏明炯，这是一只身体衰退严重的感染者，应该比较好对付。
十几名感染者就在身后，他们无路可走。
赵鹏和苏明炯握紧从地下带上来防身用的桌子腿，迎着感染者走去。
他们知道杀死感染者唯一的方法就是破坏感染者的大脑。
对面的感染者一步一步迎上来，它身上的衣服正是之前在这里执勤保安穿的工作服，现在在微风里一绺一绺地飘着。感染者脸上的肉被咬去一大半，白森森的牙齿和颧骨在外裸露着，瞳孔赤红，像两颗红色的玻璃球。左胳膊只剩下半截，肚子里空荡荡的，内脏不知道是不是被别的感染者吃掉了！
苏明炯走上前去，对着感染者的肩膀抡了几下。
感染者没什么反应，继续一步一步逼近。
赵鹏抡起棍子朝着感染者头顶敲了一下，就像是敲在一块打糕上。
感染者的头骨陷下去硬币大一块。
苏明炯看到赵鹏这一下起了效果，信心大增，对着感染者的头部连连招呼。十几下之后，这只感染者头顶塌陷，缓缓倒在地上。
苏明炯快速跑到另一头的出口，拉开铁门，迅速又关上。后面三人看他的表情就知道门外有什么？
赵鹏问有几只？
苏明炯说近处至少有五六只，远处还有不少。
医学中心方向的感染者这时已经追到铁门前。铁门在感染者的挤压下，发出金属变形的咯吱声。
铁门的合页承受不住巨大的推力，渐渐变形。
苏明炯看了看两旁的红砖墙，目前只有先爬上去再说。苏明炯和赵鹏先将陈珂托上去，然后和刘根伟一同将赵鹏又托上去。
赵鹏刚刚爬上红砖墙，碰的一声脆响，医学中心这边的铁门被感染者推开。前面两名感染者摔在地上，后面的感染者踩着前面的感染者向这边蹒跚走来
苏明炯一拉刘根伟的胳膊，让他赶快上墙。
刘根伟示意让苏明炯先上。
苏明炯没有多想，伸手搭在赵鹏胳膊上爬上砖墙。当他伸手再去拉刘根伟时，刘根伟笑着摇摇头，转身走向感染者。
谁知那些感染者并没有理会刘根伟，而是径直来到砖墙下，围住红砖墙上的三人。
这个情况大出所有人的意料。
赵鹏大喊着让刘根伟到公园东边的停车场等着。
刘根伟没有理会赵鹏的呼喊，打开了通道两头的铁门，转身回到医学中心大院里，用棍子敲击院子里的铁制旗杆，发出清脆刺耳的金属打击声。公园方向的感染者听到声音后，纷纷朝医学中心走去。几分钟后，过道里和公园里的感染者全被吸引到大院里。
赵鹏、苏明炯、陈珂三人趁着这个机会跳下红砖墙，来到停车场。